脫氧核糖核酸（或DNA）是生物學(xué)中*重要的大分子之一。它可作為蛋白質(zhì)合成等關(guān)鍵細胞過程的指導(dǎo)，是大量細胞結(jié)構(gòu)的藍圖。由于DNA的重要性，已經(jīng)開發(fā)了許多可視化和量化工具。已經(jīng)創(chuàng)建了用于檢測各種應(yīng)用中的DNA的試劑和探針 - 顯微鏡，凝膠電泳和流式細胞術(shù)等等。市場上有超過50種不同的染料，確定任何給定實驗的*佳染料可能有點壓倒性。為了簡化這個過程，我們認為這是10種*佳DNA染料。
溴化乙錠（Key：價格便宜、技術(shù)成熟、橙色熒光、熒光顯微鏡、凝膠電泳）
溴化乙錠（EtBr）是*受歡迎的DNA探針之一。這是因為它是**批商業(yè)化的產(chǎn)品之一。早在20世紀50年代，它就被用來**牲畜**。在20世紀70年代，科學(xué)家開始將其用作DNA探針。除了早期采用，溴化乙錠相對便宜。即使是大批量生產(chǎn)，它仍然非常實惠，每克約30美元。
溴化乙錠非常適合在瓊脂糖凝膠電泳中染色DNA。它還可用于檢測PCR中的dsDNA。與DNA結(jié)合后，EtBr的亮度增加約20倍。當被UV光（~300nm）激發(fā)時，它釋放橙色熒光（605nm）。溴化乙錠也可以根據(jù)RNA折疊發(fā)生的程度來檢測RNA。然而，溴化乙錠不是檢測活細胞中DNA的良好探針。這是因為它對完整的細胞膜是不可滲透的。
多年來，人們對溴化乙錠的使用產(chǎn)生了健康問題。特別是，人們對溴化乙錠作為誘變劑的作用提出了擔憂。當大量暴露時，溴化乙錠會干擾人體中的DNA復(fù)制和轉(zhuǎn)錄。這是由于其作為嵌入劑的特性。然而，在低濃度下，它不被視為危險廢物。這引發(fā)了關(guān)于溴化乙錠是否適合傳統(tǒng)實驗室使用的激烈爭論。
碘化丙啶（Key:流式細胞儀、多路復(fù)用、紅色熒光、死細胞、不滲透、488nm）
碘化丙啶是DNA探針和嵌入劑。它與溴化乙錠屬于同一化學(xué)家族。與溴化乙錠一樣，碘化丙錠具有形成其核心的含氮環(huán)結(jié)構(gòu)。它的不同之處在于它具有另外的季胺，其與碘離子離子結(jié)合。與DNA結(jié)合后，碘化丙錠的熒光增加20-30倍。如果發(fā)生折疊，它也可以與RNA結(jié)合。碘化丙錠是膜不可滲透的。它只能進入膜受損的細胞。這使其成為識別死細胞的優(yōu)良探針。它還可用于定量評估生物樣品中的DNA含量。
碘化丙啶沒有序列偏好，每4-5堿基對大約結(jié)合一次。它可以通過氙燈或汞燈以及488 nm氬離子激光器激發(fā)。由于其在617nm處的發(fā)射，它可以容易地用于多重測定。它可以與綠色熒光探針如熒光素結(jié)合使用。它也可以用作多色分析的復(fù)染劑。
就價格而言，它比溴化乙錠（每克約1000美元）貴得多。然而，它是用于流式細胞術(shù)的非常常見的染料。它還可用于熒光顯微鏡和熒光光譜。本產(chǎn)品，百螢有售，見貨號Cat#17515。
結(jié)晶紫（Key:凝膠電泳、無熒光、靈敏度差、價格便宜、無毒）
結(jié)晶紫是一種簡單的化合物，由三個結(jié)合苯環(huán)組成，附著在三個胺上。它長期以來一直用于各種醫(yī)學(xué)目的，既可作為**劑又可作為局部防腐劑。它也具有作為組織學(xué)染色劑的長期使用歷史，其早期用途可追溯到1800年代后期。結(jié)晶紫可能因其在革蘭氏染色中的應(yīng)用而廣為人知，以確定**是革蘭氏陽性還是革蘭氏陰性。作為DNA探針，結(jié)晶紫可用于凝膠電泳中的核酸檢測。在這些應(yīng)用中，它可用作熒光探針（如溴化乙錠）的替代品。這是一個特別有力的優(yōu)點，因為使用紫外光源激發(fā)熒光探針可能導(dǎo)致DNA降解。然而，對這種結(jié)晶紫的應(yīng)用的權(quán)衡是靈敏度的損失。在實驗中，結(jié)晶紫被證明對DNA的敏感性低于熒光探針如溴化乙錠。盡管溴化乙錠可以在凝膠帶中檢測到1 ng的DNA，但結(jié)晶紫的靈敏度約為16 ng。如果使用復(fù)染劑如甲基橙，則該靈敏度可提高至8 ng。但是，它仍然不如溴化乙錠敏感。
在定價方面，水晶紫是非常實惠的。它也是相當無毒的。如果健康問題是一個問題，結(jié)晶紫可以作為一些更危險的化合物，如溴化乙錠的無毒替代品。
dUTP-綴合探針（Key:多功能，直接標記，雜交，PCR，F(xiàn)ISH，DIG-dUTP）
dUTP-綴合探針是一類靈敏的DNA檢測探針，主要是由于它們提供的實驗靈活性?；舅枷胧鞘褂盟^的鏈接器將探針附加到dUTP。然后，通過分子技術(shù)將dUTP摻入DNA中。這也將探針結(jié)合到DNA大分子中。以這種方式，DNA被探針標記。因為dUTP可以與許多不同的探針綴合，所以dUTP-綴合物具有廣泛的潛在應(yīng)用。例如，dUTP探針可用于監(jiān)測PCR反應(yīng)。它們也可以用作FISH程序中的探針。通常，dUTP探針在發(fā)生DNA雜交的情況下表現(xiàn)優(yōu)異。
一些*常見的dUTP綴合物包括用洋地黃毒苷（DIG），生物素和熒光素等化合物標記。用這些化合物標記都提供用于DNA檢測的非放射性探針。特別是這些探針也在**測定如ELISA中得到廣泛應(yīng)用。該產(chǎn)品百螢生物有售，見貨號Cat#17011。